Trung tâm Kiểm chuẩn chất lượng xét nghiệm y học thuộc Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh được thành lập theo Quyết định số 2718/QĐ-BYT ngày 30/7/2010 do Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt.
Ngày 23 tháng 9 năm 2011, khai trương Trung tâm Kiểm chuẩn chất lượng xét nghiệm y học với sự có mặt của PGS.TS Nguyễn Thị Xuyên – Thứ trưởng Bộ Y tế, cùng với các chuyên gia hàng đầu trong lĩnh vực xét nghiệm.
Ngày 17 tháng 11 năm 2012, Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành Quyết định số 161/QĐ-BYT về việc phân công phụ trách hoạt động chuyên môn kiểm chuẩn chất lượng xét nghiệm của ba Trung tâm Kiểm chuẩn chất lượng xét nghiệm y học. Trong đó, Trung tâm Kiểm chuẩn chất lượng xét nghiệm y học thuộc Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh phụ trách quản lý chất lượng xét nghiệm các cơ sở trực thuộc Trung ương tại thành phố Hồ Chí Minh, vùng Đông Nam Bộ, Vùng Duyên hải Nam Trung Bộ và các tỉnh Tây Nguyên.
Ngày 22 tháng 4 năm 2014, Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt Quyết định số 1366/QĐ-BYT về việc ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động của Trung tâm Kiểm chuẩn chất lượng xét nghiệm y học thuộc Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh.
